Sau khi Trương Vĩnh Ký trở về nước vào năm 1865, Chuẩn đô đốc Roze, khi ấy đang tạm quyền Thống đốc Nam Kỳ, đã mời ông ra làm quan. Petrus Ký từ chối và xin lập một tờ báo quốc ngữ mang tên là Gia Định báo. Lời yêu cầu của ông được chấp thuận và Nghị định cho phép xuất bản được ký ngày 1 tháng 4 năm 1865, nhưng không phải ký cho ông mà lại ký cho một người Pháp tên là Ernest Potteaux, một viên thông ngôn làm việc tại Soái phủ Nam Kỳ. Và phải đến ngày 16 tháng 9 năm 1869[3] mới có Nghị định của Chuẩn Đô đốc Ohier ký giao Gia Định báo cho Trương Vĩnh Ký làm "chánh tổng tài" (tiếng Pháp: rédacteur en chef),[4] nay gọi là giám đốc; Huỳnh Tịnh Của làm chủ bút. Đến năm 1897, Gia Định báo chấm dứt hoạt động.

Tuy nhiên, theo nhà nghiên cứu Lê Nguyễn thì một cứ liệu xác định Gia Định báo vẫn còn tồn tại đến ngày 31 tháng 12 năm 1909 (44 năm), và chính thức đình bản vào 1 tháng 1 năm 1910[5].

Sau Gia Định báo, nhà cầm quyền Pháp cũng cho phép phát hành một số báo tư nhân khác ở Nam Kỳ thuộc địa như Phan Yên báo (1868), Nông cổ mín đàm (1900), Lục tỉnh tân văn (1910).